Voy a intentar escribir este artículo de la manera más clara, para que el que no tenga ni idea de genética pueda entenderlo.

Primero aclarar que el fenotipo es lo que podemos ver. Por ejemplo, en lo que nos atañe ahora, referente a los colores en el dogo alemán, el fenotipo sería el color de pelo que vemos.
El genotipo viene determinado por los dos alelos que forman un gen soportado por un cromosoma, uno que aporta el padre y otro que aporta la madre, y no se pueden observar a simple vista, solo a través del estudio del ADN por métodos científicos, y es muy complicado identificar a que corresponde cada gen, por eso, el método que nosotros vamos a usar para identificar como se comportan los genes correspondientes al color en el dogo alemán es la repetición de cruces entre distintos colores y observar los resultados.

Quiero antes de empezar, hacer un recordatorio de conceptos necesarios para entender la genética del color aún siendo un novato.
Gen: Unidad hereditaria que controla cada carácter en los seres vivos. Los genes son las unidades básicas de la herencia, y se disponen en los cromosomas como las cuentas de un collar, por lo que podríamos definir a los cromosomas como aquellas estructuras que sirven de soporte a los genes. Los cromosomas en el perro se encuentran en un número de 78, agrupados en 39 parejas.
El número total de cromosomas junto con una descripción del tamaño y forma de cada
uno es lo que se denomina cariotipo.

Alelo: Cada una de las alternativas que puede tener el gen de un carácter.
Carácter cualitativo: Es aquel que presenta dos alternativas claras, fáciles de observar: atigrado-dorado. Estos caracteres están regulados por un único gen que presenta dos formas alélicas.

Genotipo: Es el conjunto de genes que contienen un organismo heredado de sus
progenitores, la mitad de los genes se heredan del padre y la otra mitad de la madre.

Fenotipo: Es la manifestación externa del genotipo, es decir, la suma de los
caracteres observables en un individuo. El fenotipo es el resultado de la interacción entre el genotipo y el ambiente. El ambiente de un gen lo constituyen los otros genes, el citoplasma celular y el medio externo donde se desarrolla el individuo.

Homocigoto: cuando los dos genes del individuo son iguales, es decir, MM o mm.

Heterocigoto: cuando los dos genes son diferentes, por ejemplo, Mm.

Dominante: un gen es dominante cuando, en la combinación con otro, tiene preferencia sobre el.

Recesivo: un gen es recesivo cuando, para expresarse necesita estar en homocigosis.

Genética del color en el dogo alemán según Dogolimpo

Para producir un dogo alemán interactúan unos 10.000 genes, así que no sería descabellado pensar que para que se de un manto arlequín hagan falta algo más que la combinación del gen merle y del gen arlequín, ambos en heterocigosis, como se pone de manifiesto en la postura oficial de los clubes de raza del dogo alemán.

Para que sea fácil de entender a todos vamos a poner letras reconocidas, unas, y reconocibles, otras, para identificar cada gen que tome parte en la composición de cada color.

Gen Merle: M (se manifiesta en heterocigosis, es decir Mm y en homocigosis, MM)

Gen arlequín: H (se manifiesta solo en heterocigosis, es decir Hh, en homocigosis es mortal HH)

Gen de dilución: D (se manifiesta solo en homocigosis, es decir DD)

Gen negro: N (existe en heterocigosis, es decir NO negro portador de dorado, o NA negro portador de atigrado y en homocigosis, es decir NN negro puro)

Gen dorado: O (de oro) (solo existe en homocigosis, es decir OO)

Gen atigrado: A (existe en heterocigosis, es decir AO atigrado portador de dorado y en homocigosis, es decir AA atigrado puro)

Los 3 primeros son genes que actúan sobre los colores base del dogo alemán, resultando de las distintas combinaciones de interactuación con estos colores base, obtenemos el merle, el arlequín, el azul y los porcelana.

Los otros 3 genes son los colores base del dogo alemán, son homocigotos, por lo tanto solo pueden transmitir a su descendencia una posibilidad, por ejemplo, si un negro, no portador de dorado, ni atigrado, ni del gen de dilución, al que podríamos llamar negro puro, lo cruzamos con otro dogo alemán negro puro, siempre saldrían negros puros.

Si un dorado, no portador del gen de dilución, al que podríamos llamar dorado puro, lo cruzamos con otro dogo alemán dorado puro, siempre saldrían dorados puros.

Si un atigrado, no portador de dorado, ni del gen de dilución, al que podríamos llamar atigrado puro, lo cruzamos con otro dogo alemán atigrado puro, siempre saldrían atigrados puros.

El negro es dominante con respecto al atigrado y el dorado.

El atigrado es dominante con respecto al dorado.

Recordemos que la composición de cada pareja de genes, está formada por una mitad que porta la madre y otra mitad que porta el padre.
Ahora vamos a hacer las combinaciones posibles para ver el resultado de las mismas:

Primer bloque de color, negros, arlequines y merles:

Negro puro: (mm) (hh) (dd) (NN)
Negro portador de arlequín: (mm) (Hh) (dd) (NN)
Merle: (Mm) (hh) (dd) (NN) o (MM) (hh) (dd) (NN)
La homocigosis en el gen merle no producirá albinismo, pero solo dará hijos merle, nunca negros.
Merlequín: (Mm) (Hh) (dd) (NN)
Arlequín: (mm) (Hh) (dd) (NN)
Si os fijáis el resultado en estos 4 pares de genes, es el mismo que en el negro portador de arlequín, según la teoría oficial la diferencia entre uno y otro sería el gen merle (Mm), para mí esa opción es el merlequín, y la diferencia debería estar en al menos dos genes más que están sin identificar, uno que incidiría en el fondo blanco y otro con las manchas, y este último gen sería el que influiría en la producción del albinismo.
Esta conclusión la saco porque ni el gen merle ni el gen arlequín, explican por qué el color de las manchas en los porcelana corresponden con el color base de los reproductores, y porque nunca he visto un albino hijo de dos merles.

Segundo boque de color , negros de azul y azules:

Negro portador de azul: (mm) (hh) (Dd) (NN)
Azul: (mm) (hh) (DD) (NN)

Tercer bloque de color, dorado y atigrado:

Dorado: (mm) (hh) (dd) (OO)
Atigrado: (mm) (hh) (dd) (AA)
Atigrado portador de dorado: (mm) (hh) (dd) (AO)
Las prohibiciones de cruces entre bloques de color están justificados para evitar defectos de color, y entre el arlequín por arlequín, merle por merle y arlequín por merle, están justificadas para evitar problemas de salud.

Solo se deberían mezclar colores de diferentes bloques de color, con un fin claramente justificado, como refrescar líneas de sangre por motivos de salud o por mejorar en la morfología de un determinado color de manera que la única solución fuera obtener esas virtudes únicamente de ejemplares de otros colores.

Posibilidades de cruces entre bloques de colores:

Para usar con el bloque de colores de dorados y atigrados
Negro puro: (mm) (hh) (dd) (NN)
Negro portador de dorado: (mm) (hh) (dd) (NO)
Negro portador de atigrado: (mm) (hh) (dd) (NA)
Negros de azul que no porten el gen de dilución, es decir, negros puros descendientes de cruces entre dos negros de azul.

Para usar con el bloque de colores de negros, merles y arlequines
Negros puros hijos de negros portadores de dorado o atigrado.
Negros de azul que no porten el gen de dilución, es decir, negros puros descendientes de cruces entre dos negros de azul.
De esta manera tenemos la sangre de los dorados, atigrados y azules en los arlequines sin peligro de que salgan defectos de color.

Para usar con el bloque de colores de negros de azul y azules
Negro puro: (mm) (hh) (dd) (NN)
Negros puros hijos de negros portadores de dorado o atigrado.
De esta manera tenemos la sangre de los dorados, atigrados y arlequines en los azules sin peligro de que salgan defectos de color.

Evitar siempre meter el gen de dilución (DD) en el grupo de arlequines y de dorados, y evitar meter el gen de arlequín (Hh) en el grupo de dorados y azules.
Colores prohibidos, no aptos para exposición ni para cría, producto de estos cruces:
Isabelino: (mm) (hh) (DD) (OO)
Isabelino en atigrado: (mm) (hh) (DD) (AO) ó (mm) (hh) (DD) (AA)
Porcelana fondo blanco manchas azules: (mm) (Hh) (DD) (NN)
Porcelana fondo blanco manchas doradas: (mm) (Hh) (dd) (OO)
Porcelana fondo blanco manchas atigradas: (mm) (Hh) (dd) (AO) ó (mm) (Hh) (dd) (AA)
Porcelana fondo blanco manchas isabelinas: (mm) (Hh) (DD) (OO)
Porcelana fondo blanco manchas isabelinas en atigrado: (mm) (Hh) (DD) (AO) ó (mm) (Hh) (DD) (AA)
Porcelana fondo blanco manchas gris tigro “merlequín”: (Mm) (Hh) (dd) (NN)
Merle marrón: (Mm) (hh) (dd) (OO)
Merle marrón rallado: (Mm) (Hh) (dd) (AO) ó (Mm) (Hh) (dd) (AA)

Otra de las diferencias entre el merle y el arlequín, es que el gen de dilución si actúa sobre las manchas del arlequín, también actúa diluyendo los tres colores básicos, pero no afecta al gen merle, ni diluye el fondo gris ni diluye las manchas negras.